포닥, 연구원은 기관부담금 월급에서 떼버릴 때도 많나요?

이번에 8월에 졸업해서 9월부터 계속 실험실에서 일하기로 결정되었는데요.

언제 계약서를 쓸지는 아직 안 정해졌고 (아마 8월에 쓸 것 같습니다)

일단 뭐 찾아보면서 알게 된 것이
보통 퇴직금 포함 연봉 / 미포함인 사람도 있지만
포함인 경우 대충 연봉 10% 뺀 금액에서 12 나누고, 4대 보험료 10% 정도 떼는걸로 아는데
이때 4대보험료는 절반은 기관에서 내고 절반은 근로자가 내는 것은 잘 알고 있는데,

문제는 실제 기관부담금은 교수 (혹은 학교)쪽에서 부담을 해야하는 것이 맞는데
(저희 학교는 학교 (혹은 대학병원)에서 급여가 지급 되는 연구원(포닥)이 있고
교수님 연구비에서 인건비를 책정하는 경우가 있다고 들었습니다.)

어떤 분이 계약보다 급여가 너무 적어서 따졌더니 어차피 연말에 다 환급되는 금액이긴 한데
기관부담금도 부담한다..는 식으로 했다가 난리가 나서 어째저째 쇼부 봐서 그거 빠지는 금액까지 감안해서
다시 재협상을 하신 것 같습니다.

그런 경우가 많나요?