교수님과의 의견 차이

안녕하세요,
석사 졸업논문 작성 과정 중 교수님과의 큰 의견 차이가 발생해서 고민인 학생입니다.

논문 데이터를 분석하는 과정에서 연구설계에 문제가 있었음을 뒤늦게 깨달았습니다.
하지만 교수님은 이미 데이터가 나왔으니 지금 데이터를 다르게 분석하여 논문을 작성하자고 하십니다.

문제는 이런 식으로 데이터를 다르게 분석하게 되면 같은 이론을 쓰는 선행 연구들과 완전 반대의 모형으로 논문을 작성해야만 합니다(정말 도전적인 형식). 그게 납득이 안되는 상황이지만 교수님은 강경하게 진행하자고 하십니다.

이미 한차례 주변분들께 말이 안된다는 피드백을 받기도 해서 막막합니다.

이런 상황에서는 그냥 교수님 말씀대로 진행하는 게 맞는 걸까요?
너무 무력한 기분이 들어서 괴롭네요.

이런 경험이 있으셨던 분의 조언을 듣고싶습니다.