ist 석사 후 서울대 박사

안녕하세요 저는 ist에 재학중인 학부생니다. 저는 본 고향이 서울이기에 서울 쪽에 있는 대학으로 대학원 진학을 원했고 서울대말고는 ist 보다 연구 환경이 별로라고 생각하여(개인적인 견해입니다.) 서울대만 생각하고 있습니다. 다만 제가 학부 성적이 그리 좋지 못해 서울대에 석사로 들어가기에는 무리가 있다고 생각이 되어 이번에는 지원을 하지 않으려고 합니다.

자대 대학원(ist)은 이미 교수님과 연락이 되어 거의 합격한 상태입니다. 그래서 별 이변이 없으면 자대 대학원 석사로 진학할 것 같습니다. 솔직히 자대 대학원도 집에서 먼 것만 빼면 교수님도 좋으시고 분위기도 좋아서 만족하고 다닐 것 같습니다.(이 연구실에서 인턴을 해서 압니다.) 그래도 집이 서울이라 박사를 하게 되면 서울에서 하고 싶은데, 혹시 석사만 2년하고 박사를 서울대에 가서 하게 될 가능성이 있을까요? 만약 그렇게 하려면 석사과정 때 무엇을 가장 열심히 준비해야 할까요? 연구실 선배 말로는 제 연구 분야 특성상 석사과정 때는 공부 위주이고 눈에 보이는 실적은 내기 힘들다고 하시는데, 그래서 석사 후 박사과정 지원시 불리하지는 않을지 걱정이 되기도 합니다.
대학원 입시 기간이라 이런 저런 고민이 많네요... 좋은 조언 주시면 감사하겠습니다.